こんにちは ふーみん です。
ユーザーさまからよく、デモデータはないの?とお問い合わせいただきます。
NanoString社のホームページには、解析ソフトnSolverとデータセットがアップされています。
ただ、どんな実験系で取得したデータなのかいまいちわかりません(笑)。
殿町ラボでも、独自にデモデータを用意してみました。
nSolverの操作性のご確認などに、是非ご活用くださいね。
こちらからダウンロードいただけます。
nSolverへのデータの取り込みなど、
基本的な操作は、こちらの動画をご確認ください。
なんと、nSolverは無償で使用できます!
ただ、nCounterから出力されたデータじゃないと使えないんです(笑)。
今回は、nCounter MAXシステムを用いてデータを取得しています。
こちらの論文のFig. 3を再現して、
同僚の すーさん に細胞を準備してもらいました。
ヒト肺癌細胞株A549に、上皮成長因子受容体(EGFR)チロシンキナーゼを選択的に阻害して抗腫瘍作用を示す分子標的薬のGefitinib(ゲフィチニブ)とEGF(Epidermal Growth Factor、上皮成長因子)を処理しています。
論文ではタンパク質の発現をみていますが、遺伝子発現の変化は期待していたほど大きくなかったです。
測定データ自体は綺麗にとれているので、nSolverでの解析は問題なく行えます。
ぜひご活用くださいね。
このデモデータやnCounterを用いた遺伝子発現受託解析サービスに関するお問い合わせは、こちらのページからお願いします。